Sukiya, der er kendt for sine skåle med oksekød og ris, oplyste, at rotten blev opdaget af en kunde på deres afdeling i Tottori.
En undersøgelse afslørede, at en medarbejder undlod at kontrollere skålen med suppe, før den blev serveret, og derfor overså rotten under hændelsen i januar.
Sukiya forklarede, at andre skåle med suppe, som havde samme risiko for forurening, ikke var blevet serveret til andre kunder. Restauranten blev lukket i forbindelse med en hygiejneinspektion, men genåbnede senere, skriver The Independent.
Virksomheden undskyldte for at have taget to måneder om at anerkende hændelsen og sagde, at de har forbedret fødevaresikkerheden i deres hundredvis af filialer. Kunder havde beskyldt kæden for kun at have håndteret problemet, da billeder af rotten blev delt på sociale medier.
"Foranstaltninger blev taget for at udbedre revner i bygningen, som kunne føre til forurening, og medarbejdere modtog grundig træning i hygiejnestyring, herunder visuel inspektion af produkter inden servering," lød det fra restaurantkæden i en oversat erklæring.
"Sundhedscentret blev også kontaktet samme dag som udbruddet. Butikken genoptog driften to dage efter hændelsen, efter at en embedsmand fra sundhedscentret havde inspiceret stedet."
"Vi vil gerne endnu en gang undskylde over for vores kunder og alle berørte parter for den ulejlighed og bekymring, hændelsen har medført. Vi vil bestræbe os på yderligere at styrke vores ledelsessystemer i alle butikker landet over for at forhindre en lignende hændelse i fremtiden."
Sukiya oplyste, at de har besluttet at styrke deres procedurer efter forureningen og vil fremover kontrollere huller og revner hver tredje måned samt opbevare madaffald i et kølet affaldsrum.
"Vi har også instrueret butikker i hele landet i nøje at foretage visuel inspektion af produkter, før de serveres, for at forhindre forurening," udtalte restaurantkæden.
"Fremover vil vi fortsat gennemføre mere grundig forskning og tage skridt til at bekæmpe skadedyr og skadedyrsangreb."
Der er cirka 2.000 Sukiya-restauranter i hele Japan, og kæden hævder at være Japans 'førende Gyudon-restaurantkæde'. Gyudon er en ret bestående af tyndtskåret oksekød og løg, der tilberedes i en sød og krydret sauce og serveres med ris.