Forældrene havde grebet ind over for den pensionerede portugisiske efterforsker Goncalo Amaral, efter at han fremsatte påstandene i en bog, dokumentar og avis interview.
Goncalo Amaral var førende efterforsker på sagen om at finde Madeleine McCann.
Blot et år efter udgav han bogen.
I bogen beskriver han, hvordan efterforskningen pegede på, at Kate og Gerry McCann selv var skyldige i deres datters forsvinden.
Selvom de oprindeligt vandt en injuriesag mod Amaral i 2015, ændrede landets højesteret senere afgørelsen.
I deres seneste bud appellerede McCanns til den europæiske domstol, hvor deres advokater argumenterede for, at de portugisiske myndigheder havde krænket deres ret til et privat- og familieliv på grund af, hvordan injuriekravene blev behandlet.
Men retten gav dem ikke medhold, i det den fastslog, at deres omdømme var blevet skadet af, at de blev gjort til officielle mistænkte i en kort periode, snarere end af Amarals påstande.
Kate og Gerry McCann har nu tre måneder til at appellere afgørelsen, oplyser PA.
Efterforskere har arbejdet på at finde ud af, hvad der skete med Madeleine McCann siden 2007.
Den dengang treårige pige forsvandt fra en ferielejlighed i Algarve, mens hun var på ferie med sine forældre og søskende. Hun er aldrig blevet fundet. Det rapporterer LADbible.
For to år siden hævdede tysk politi, at en tysk mand var ansvarlig for hendes forsvinden.
Han er nu hovedmistænkt i sagen.
Sidste år udgav Goncalo Amaral endnu en bog.
I den hævder han, at den tyske mand er gjort til syndebuk og gentager igen sin teori om at Kate og Gerry McCann selv skulle stå bag.
