Graviditeten er angiveligt resultatet af en voldtægt, der blev begået i familiens hjem.
Ifølge Newsweek blev hun hastet til et hospital i Florianopolis, da det blev bekræftet, at hun ventede et barn.
Mor og datter fik af Polydoro Ernani de Sao Thiago at vide, at aborten ikke kunne udføres hos dem, fordi datteren allerede var 22 uger henne.
Hun skulle først skaffe en retskendelse, fordi hun var mere end 20 uger henne, før en abort ville være en mulighed.
I Brasilien er aborter ulovlige, medmindre de er resultatet af voldtægt eller incest, eller hvis det fastslås, at det vil bringe kvinden i fare - men alligevel valgte dommer Joana Ribeiro Zimmer at blokere hendes anmodning om en retskendelse.
Dommeren udtaler ifølge New York Post, at hun i stedet skal bortadoptere barnet, fordi der er "30.000 par, der ønsker at adoptere barnet".
Dommeren beordrede også, at hun skulle indkvarteres hos et krisecenter, fordi der var en "risiko" for, at den 11-årige ville "forsøge at dræbe barnet".
Beskyttelsesordren blev angiveligt også udstedt for at beskytte hende mod hendes overfaldsmand.
Pigens mor siger hertil, at hun selv ville have foretaget aborten, hvis hun ikke var blevet sendt væk.
Raserende debat
Sagen har udløst en stærk reaktion fra mange i det stærkt religiøse land, da mange stiller spørgsmålstegn ved, hvorfor en 20-ugers abortpolitik overhovedet er blevet vedtaget.
Domstolen i Santa Catarina sagde, at den har "indledt en anmodning om administrative foranstaltninger for at få foretaget en ordentlig undersøgelse af de faktiske omstændigheder"
Rettens kontor for interne anliggender vil undersøge, hvorfor dommer Joana Ribeiro Zimmer nægtede at lade pigen afbryde sin graviditet, når det var inden for Brasiliens stramme juridiske rammer.
Tallene viser, at mange kvinder vælger at få foretaget ulovlige aborter i Brasilien.
IPAS-organisationen siger, at der anslås at være en million aborter hvert eneste år i landet, sammenlignet med de 1.626 aborter, der blev udført lovligt i 2012.
IPAS siger, at mange "kvinder, især dem uden økonomiske eller sociale ressourcer til at gå til en veluddannet, villig behandler, løber en stor juridisk risiko, når de vælger at afslutte en uønsket graviditet".
